X-Men ’97 será uma sequência direta dos eventos da série animada original da equipe, que foi exibida entre 1992 e 1997, sendo extremamente aclamada. No final daquela trama, os mutantes assistiram a Imperatriz Lilandra levar o Professor Xavier gravemente ferido para o espaço.
X-Men ’97 vai começar logo depois da partida de Xavier e a jornada da equipe continuará agora com Magneto liderando a equipe. Além disso, o Sr. Sinistro também retornará como um dos grandes antagonistas da trama.
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Além disso, agora que o Universo Cinematográfico Marvel introduziu o conceito de Multiverso, o roteirista dessa animação também deixou implícito em um comentário que X-Men ’97 pode sim fazer parte do MCU, se passando em um universo alternativo.
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